影响聚丙烯酰胺絮凝效果有着很多的因素，充分了解这些因素才能够让它的效果得到最大发挥。
通常高分子絮凝剂聚丙烯酰胺的用量为废水的（0.2~10）×10－6，仅为无机絮凝剂聚合氯化铝用量的1/30~1/200即可发挥作用，这主要是分子量大的缘故。有的学者用聚丙烯酰胺来进行二氧化硅悬浊液的絮凝沉降试验，表明分子量大的，沉降速度快，加入量适宜时，其沉降速度有一个最大值。分子量小时，最适宜的絮凝剂添加量小，沉降速度的最大值也小，而且显示较易分散的倾向。再者，用相同的沉降速度作对比，结果是分子量大的用量小，分子量小的即使增加用量，其沉降速度的提高也是有限的。自然，也不是分子量越高越好，分子量过高，溶解就不易，溶液的黏度也大，使用不便。
聚丙烯酰胺的溶解：溶解良好才能发充分发挥絮凝作用。有时需要加快溶解速度，这时可考虑提高聚丙烯酰胺溶液的浓度。
絮团强度：絮团在剪切作用下应保持稳定而不破碎。提高聚丙烯酰胺分子量或者选择合适的分子结构有助于提高絮团稳定性。
絮团的大小：絮团太小会影响排水的速度，絮团太大会使絮团束缚较多水而降低泥饼干度。通过选择聚丙烯酰胺的分子量可以调整絮团的大小。
聚丙烯酰胺的离子度：针对脱水的污泥，可用不同离子度的絮凝剂通过先做小试进行筛选，选出最佳合适的聚丙烯酰胺，这样即可以取得最佳絮凝剂效果，又可使加药量最少，节约成本。
聚丙烯酰胺与污泥的混合：聚丙烯酰胺在脱水设备的某一位置必须和污泥充分反应，发生絮凝作用。为此，聚丙烯酰胺溶液粘度必须合适，在现有设备条件下能与污泥充分混合，两者混合均匀是否，是成功的关键因素。聚丙烯酰胺溶液粘度与其分子量和配制浓度有关。